- Если Вы верстаете\подключаете скрипты под обычную вёрстку или на какую-нибудь CMS, условно Битрикс, то считается хорошей практикой собирать все подключаемые библиотеки в отдельный файл, называть его, например, libs.js или assets.js или vendors.js(приоритетный вариант), минифицировать код этого файла и уже его подключать к странице. Разумеется делается это по хорошему не вручную, а с помощью какого-нибуть таск раннера, например gulp.
- Если Вы знаете что за библиотеки Вы используете и предусмотрели пересечение глобальных переменных(что бывает весьма не часто), например, вызов функции $, то конфликтов быть не должно.
P.s. не забудьте, что на каждой отдельно взятой странице могут быть не нужны все библиотеки, которые Вы используете на всём сайте и подключение такого монстра сильно и бесполезно увеличит вес странице со всеми вытекающими. Поэтому, если какая то библиотека используется только на одной странице, то будет правильнее исключить её из сборки и подключить к этой странице отдельно.
В современном же, более подвинутом, фронтенде, используются инструменты сборки(Webpack) с помощью которых js код пишется в разных файлах помодульно. Сборщик строит граф зависимостей ваших js модулей и генерирует нужный файл(бандл) который и нужно подключить(или асинхронно подгружает модули по требованию - это идеальный вариант).