возможн ли как то напрямую через сам PIL сконвертировать gif в apng?
Что значит "напрямую"? Что вы в данном контексте вкладываете в это слово?
Вы форматы GIF и APNG знаете? Я лично нет, но по ощущениям работы с инструментами по созданию анимированных гифок в лихих нулевых - в GIF-файле банально куча картинок-кадров + задан промежуток смены "кадров". Никаких, боже упаси, "потоков" и кей-фреймов, как в нормальных видеоформатах.
Чем не понравилась либа apng? Я посмотрел - она похожа на живую, а pillow указана как опциональная зависимость (без неё возможна работа только с PNG).
Однако сам то pil вполне себе умеет вынимать кадры... в общем кривые костыли
Да никаких костылей. Если вы знаете, как извлечь все кадры из гифки, то у вас задача уже решена, по факту. Написать надо строк 10-15 кода, и всего делов.
Любой конвертер из одного формата в другой будет оперировать кадрами, никаких тут "напрямую" и вообще ничего зазорного - нет.