С точки зрения современного подхода "Infrastructure as code" - безусловно, стОит. В случае докера, оверхед всё равно получается небольшой и без серьёзной нагрузки - вряд ли вообще заметный. И даже если когда-то случится такая беда, что где-то просядет производительность, то сильно проще будет более жирный инстанс VPS взять, чем с бубнами плясать.
P.S. Все яйца в одну корзинку лучше не надо. Как минимум, БД лучше на отдельную машинку увести.