Метод .SetAccessRuleProtection производит два действия, первое - блокирует наследование разрешений от родителя/включает наследование для объекта, второе - оставляет унаследованные разрешения в виде явно заданных разрешений/удаляет унаследованные разрешения и оставляет только те, которые были явно заданы.
Таким образом вероятнее всего у вас просто отсутствуют какие-либо унаследованные разрешения для папки "C:\temp" Если вы например создадите подпапку в "C:\temp", выдадите папке "C:\temp" разрешения и включите наследование, то после выполнения $newacl.SetAccessRuleProtection($True, $false) применительно к папке внутри "C:\temp" вывод между $acl и $newacl будет отличаться, т.к. будет удалено наследование разрешений.
Подробнее можно почитать тут
https://windowsnotes.ru/powershell-2/upravlenie-ac...