Нашёл вчера решение проблемы, может кому будет интересно.
В Woocommerce на месте где выводится цена за единицу товара, нет никакого никакого фильтра чтобы могло изменить вывод, там просто строка текста. Но, есть возможность добавить свою колонку в таблицу. Старую, ненужную колонку скрыл, а новую, точно такую же добавил, только уже с input внутри.

Хуки которые были задействованы:
woocommerce_admin_order_item_headers - выводится заголовок таблицы и тег th
woocommerce_admin_order_item_values - содержимое ячейки - td > input и т.д.
woocommerce_saved_order_items - сохранения мета поля с новой ценой в ордере