Timebird, просто как я говорил - гит не позволяет коммитить пустые каталоги. Что бы это обойти, люди создают пустые файлы. Поэтому у вас происходит что-то очень странное. Вы не пробовали склонировать репозиторий с гитхаба в новое место и посмотреть на наличие ваших файлов? Может гитхаб глючит?
Также попробуйте git log --stat
Так вы сможете увидеть какие файлы действительно попали в коммит.