Присвойте ресурс Background или стиль элементу ссылающийся на Background
далее просто меняйте когда нужно цвет у ресурса
Примерный код:
App.xaml
<Color x:Key="DecorateColor">#FF005087</Color>
<SolidColorBrush x:Key="BackgroundBrush" Color="{DynamicResource DecorateColor}"/>
элементы где меняем цвет, например внутри стиля
<Border Background="{StaticResource BackgroundBrush}"/>
изменение цвета ресурса
Color decorateColor = Color.Color.FromArgb(255, 136, 0, 255);
Application.Current.Resources["DecorateColor"] = decorateColor;
Если использовать MVVM, то можно и через StaticResource решить.
Но это подход "В лоб", более верным будет через состояние стиля, но это вам сначала изучить Trigger (для конкретно этого случая DataTrigger) и MVVM.