https://medium.com/devschacht/node-hero-chapter-8-...passport - просто обертка, задающая единый интерфейс для авторизаций, которые выбираются как "стратегии". Если задан интерфейс, можно делать стратегии к нему в виде пакетов, которые и берут из npm. Для простой авторизации из БД достаточно local, только запрос нужно самому написать, как в мануале по ссылке выше.
express-session - пакетик, добавляющий куки клиенту, читающий его и помещающий соответствующую запись из бд в req.session
body-parser - парсит содержимое http-сообщения и если там json или скажем данные формы, то делает из этого объект и помещает в req.body. Не работает с multipart, для этого нужны другие пакеты.
На JWT особо не ведитесь, плюсов от него немного, нужно понимать где он пригодится, а где не очень. Хотя конечно знать как оно устроено надо.