Нет.
Если конечно мы говорим об одном и том же типе сертификатов. LE выдает только DV сертфиикаты. Если сравнивать его с DV сертификатом от того же Комодо - скорее всего нифига разницы не будет.
Если сравнивать с OV или EV сертификатом от Комодо - разница может быть будет. Эта вещь очень сложно доказуема, потому что нужна статистика, которую собрать нереально, если ты не гугл. Но и цена EV сертификата - кусается и пребольно.