У меня есть домашний сервер, на нем лежат 2 сайта. При обращение по ip я попадаю в корень(так и надо), но при обращении по https://ip я попадаю на один из сайтов, но я хочу сделать так, чтоб запросы по ssl://ip не проходили( только по домену)
У вас дефолтный конфиг без https, а на одном из сайтов есть https, поэтому при обращении к 443 порту апач отдает вам этот сайт.
Вам нужно дописать в дефолтный конфиг настройки для https, тогда по ip будет открываться все одинаково. Либо сайт с сертификатом перекинуть на отдельный ip, тогда только он будет открываться по https, а остальное нет.