допустим делаю каталог для всех сайтов /var/web/site1 ../site2 ../site3 и тд ... раздаю пользователей фтп всем сайтам, и права 777 распространяющиеся на их папки
Ну, например, покурить мануалы и сделать нормально, а не как сейчас. Выделить каждому пользователю доступ только к их каталогу, например.
Ну и снять со всех файлов флаг "исполняемый".