В материале, через который проходит электромагнитная волна, возникает ответная волна в противоположном направлении (из-за электронов в атоме). Атомы "сопротивляются" проходящему свету, примерно как металлическое кольцо отклоняется при быстром поднесении магнита (возникает ответное магнитное поле).
Векторное сложение основной волны и "ответной" и дает уменьшение скорости света в материале. Чем компактнее материал (имеется в виду плотность упаковки атомов), тем больше "сопротивление" и тем меньше скорость света.