Виталий Хоменко, да я хочу чтобы при создании конфигурации он перечитывался nginx, но почему то в CI не работает exec(), в php.ini отключил блокировку exec()
Вы скорее всего не сможете это сделать через приложение в браузере, у вас попросту нет прав на доступ к папкам. Веб-сервер работает под пользователем с ограниченными правами, как правило это www-data. Если же речь о консоли, то это возможно, если вам предоставлен sudo. Но в консоли с необходимыми правами вы сможете это сделать и без приложения
Евгений, смотрите чуть в другую сторону. Ваше приложение создает команду, а выполняет ее фоновый обработчик, который работает на сервере. Так точно сможете реализовать.
Гуглите: шина команд, демон, supervisor. Или смотрите как Queue реализовано в других фреймворках