Если юр.лицо выставляет счет с НДС, то физ.лицо обязан оплатить. Например, когда покупаете в магазине, обратите внимание, в чеках указан НДС (если применяет ОСНО, это система налогообложения). То есть Вы оплатили и НДС.
Возместить НДС физ.лицо не может.
Если Вы спрашиваете о налоговом агенте, то физ.лица не являются налогоплательщиками НДС. Поэтому в бюджет они ничего перечислять не должны.