допустим в корень
странная идея, это последнее место где их будут искать
Где правильнее хранить search-модели Yii2?
либо в папке app/models либо в папке app/models/search
дабы при росте их количества не получалась каша из моделей
иногда удобно использовать модули для избежания каши, но не всегда. Но подумать в эту сторону стоит.