Вот так всегда. Только сформулировал вопрос - нашлось объяснение.
http://qaru.site/questions/259806/php-to-easyphp-mysql-server-1-second-connection-delay
Короче задержка из-за того, что MySQL сначала ищет IPv6 адрес localhost, а потом (тайм-аут 1 сек.) - ищет IPv4.
Помог комментарий "в скрипте указывать сервер MySQL не localhost, a 127.0.0.1".
Вроде бы так делать опасно (судя по статье), но мне помогло. Response сократился до 60-100 мс.
Может у кого будет такая же проблема - вот вам решение.
Правда маршрутизации NAT на Windows Server этот совет не поможет. но чувствую что проблема аналогичная.
Поэтому вопрос все еще открытый: Как правильно вырубить IPv6 на Windows Server, так чтобы он не увеличивал задержку?