Здравствуйте!
Сам wordpress устанавливался под root.
Возможно, что ВП под рутом, а пользователь Апач другой и соответственно отличаются....
Смотрите в сторону chown для того, чтобы задать корректного владельца на директории сайта ВП
Также проверьте chmod (для директорий 755, а для файлов 644)