Исправил под Вашу ситуацию
// получаем угол в радианах
var angle = Math.atan2((x1*100/obj.width)-50,(y1*100/obj.height)-50);
// или в градусах
var angle = 180*Math.atan2((x1*100/obj.width)-50,(y1*100/obj.height)-50)/Math.PI;
PS: немного теории на примерах
преобразование декартовых координат в полярные
есть некая точка, заданная координатами x,y в декартовой системе координат. для вычисления ее полярных координат используем формулы
// угол между осью X и отрезком, заданным координатами (0,0)-(x,y)
var angle = Math.atan2(x,y); // в радианах
var angle = 180*Math.atan2(x,y)/Math.PI; // в градусах
// длинна отрезка (сежду точкми 0,0 и x,y)
var radius = Math.sqrt( Math.pow(x, 2) + Math.pow(y, 2) );
преобразование полярных координат в декартовы
есть некая точка, заданная координатами angle, radius в полярной системе координат. для вычисления ее декартовых координат используем формулы
// угол angle задан в радианах
var x = radius*Math.cos(angle);
var y = radius*Math.sin(angle);
векторные преобразования (самая малость)
вариант 1. есть некий отрезок (вектор) заданный декартовыми координатами точек (начала и конца) x1,y1 и x2,y2 соответственно.
// угол между осью X и отрезком, заданным координатами (x1,y1)-(x2,y2), он же направление вектора.
var angle = Math.atan2(x2-x1,y2-y1); // в радианах
var angle = 180*Math.atan2(x2-x1,y2-y1)/Math.PI; // в градусах
// длинна отрезка, заданного координатами (x1,y1)-(x2,y2), он же длина (размер) вектора
var radius = Math.sqrt( Math.pow(x2-x1, 2) + Math.pow(y2-y1, 2) );
вариант 2. есть некий отрезок (вектор) заданный декартовыми координатами точки (начала) x1,y1 и полярными координатами точки конца - angle и radius, указывающими направление отрезка и его длинну, относительно точки начала x1,y1.
// находим декартовы координаты точки конца. угол angle задан в радианах
var x2 = x1+radius*Math.cos(angle);
var y2 = y1+radius*Math.sin(angle);