Код не проверял, но, думаю, это будет выглядеть примерно так:
function exclude_widget_categories( $args ) {
$a = array(
'taxonomy' => 'category',
'hide_empty' => false
);
$c = get_categories( $a );
$exclude = array();
foreach ( $c as $cat ) {
if ( get_field( 'is_hide', 'category_' . $cat->term_id ) ) {
$exclude[] = $cat;
}
}
$args["exclude"] = $exclude;
return $args;
}
add_filter("widget_categories_args", "exclude_widget_categories");
is_hide — название чекбокса.
P.S. Если ACF поддерживает метаданные для терминов таксономий, то код можно попробовать улучшить с помощью
meta_query.