Размер изображений для тренировки не привязывается к размеру указанному в конфигурационном файле. Основное правило - размеры изображений тренировочного датасета = размерам тестовых изображений.
Yolo в процессе тренировки автоматически ресайзит изображения под различные разрешения.
Рекомендую использовать YOLO v3 в 2019 году.
Шикарный -
гайд