Отсортировать и взять в первую выборку четные элементы, а во вторую - нечетные. Не факт, что это даст лучший результат, но просто, быстро и первое, что приходит на ум.
Результат будет ближе к нужному, если в каждый набор брать по очереди сначала четный элемент, потом нечетный. Допустим, есть отсортированный набор: 1,2,3,4,5,6.
Берем: (1, 4, 5), (2,3,6). Это уже лучше, чем (1, 3, 5), (2, 4, 6). Так как мы не берем каждый раз в набор с четными элементами заведомо больший элемент, а чередуем.
Если числа в сумме дают что-то определенное (100 или 1, например), то можно попробовать реализовать направленный поиск набора, наиболее близкого к половине от суммы.