Есть ли возможность (в будущем) подключать нативные модули в PWA приложения?
Очевидно, что простое приложение не имеет доступа вне API браузера (например работа с файловой системой).
В случае гибридных приложений (допустим Electron) можно пойти по пути клиент-сервер - нода будет работать с файловой системой.
Нет. Pwa имеют только браузерные возможности. В далеком будущем, возможно сделают какое либо api. Можно поднять сервер на телефоне, но для этого нужно ставить приложение из маркета.
API то есть разные, но многие не поддерживаются браузерами (например, FileSystem).
Теоретически, можно будет собрать PWA приложение через Ionic и Electron вместе с локальной нодой, но боюсь будут проблемы с поддержкой platform specific фич