Есть такое да, если делаете паблишинг портов, то на голом докере по умолчанию это произойдет через docker-proxy у которого катастрофически низкая производительность + огромный аппетит к Cpu, выход крайне простой - при создании контейнеров, которые будут взаимодействовать с внешним миром используйте --net host. Например у вас есть php-fpm, nginx и любая бд, в таком случае делаете --net host для nginx, остальные могут оставаться в сети docker, конечно же вам понадобится icc(inter container communication) и для этого нужно создать так называемую user-defined network. Для упрощения жизни создавайте контейнеры через docker-compose.