Если на сервере разнести 1 сайт - 1 пользователь. Какие права устанавливать на директорию сайта? Получается доступ к директории сайта должен иметь сам пользователь и сервер. Значит нужно также добавлять сервер в группу к пользователю?
Сервер nginx/ubuntu
Docker для каждого сайте не подходит, так как сайтов много и слишком накладно по ресурсам выходит
1 сайт 1 пользователь и от этого пользователя pool php-fpm.
Права, как обычно. Директории 755, файлы 644, владелец пользователь и одноименная группа.
Посмотрите пример настройки такого окружения.