Могу ошибаться но часто данная проблема происходит при плохом подключении, использую Python v3, скрипт работает на виртуалке, проблема со стороны сервера практически исключена.
with urllib.request.urlopen(url) as response, open(output_file, 'wb') as out_file:
shutil.copyfileobj(response, out_file, 256*1024)