Теперь 40 компов не видят свой контроллер (при входе в систему), так как у них статические настройки DNS 192.168.88.2
Ну так поменяйте настройки на 40компьютерах и все дела.
Те кому не нравиться менять руками на множестве компьютеров настройки сети никогда не вбивают их руками, а используют для этих целей DHCP.
Скажите как этому виртуальному коммутатору присвоить 192.168.88.2?
Ну для начала неплохо бы узнать что такое коммутатор, на каком уровне он работает, и сразу станет понятно, что у коммутатора нет никого IP. Поэтому это сделать невозможно.