1. Устанавливается AVR-GCC
2. Устанавливается AVRDUDE
3. Устанавливается Eclipse For C/C++
4. Устанавливается AVR plugin for Eclipse
Далее создаём новый проект. Тип приложения выбираем из шаблонов AVR. В настройках шаблона выбираем тип микроконтроллера и частоту F_CPU. Если нужного нет, то нужно будет вручную прописать в Makefile.
Программу компилируем выбором цели Make.
Прошиваем микроконтроллер с помощью ARVDUDE. Если используется какой-нибудь продвинутый программатор, вроде AVR-MkII, то можно и Eclipse настроить, чтобы прошивать в нём, но лично я использую либо 5 проводков на принтерном порту, либо USB-программатор AVR-USB и AVRDUDE в командной строке.
Для общения с платой по последовательному порту можно использовать переходник USB-UART и утилиту SCREEN.