Что нужно для быстрого обновления 1С?
1)Быстрый процессор - важна частота.
2)Оперативки чтобы достаточно было, хотя если базы по очереди обновляете хватит даже 8Гб
3)Быстрый диск. - Поставьте нормальный SSD.
Вообще 200 баз за ночь без проблем обновляются если в несколько потоков.
Ваша пробшема в том что -
Сервер виртуальный, не выделенный.
В итоге диск у вас ниже плинтуса.