Монго этот документоорентированная бд, это значит дерево будет храниться не в виде индексов, а в виде документа. Проще представить как json, следовательно монга легко сможет хранить в такой структуре, даже без создания модели.
Только дольше будут работать операции по выборке и изменению данных в больших деревьях.