сначала нужно определить, каким образом лучше всего представляются ваши бизнес-процессы. Модель моделирования бизнес-процессов. Ну и потом найти для нее лучший инструмент.
Я бы посоветовал UML+любую рисовалку, которая его умеет. Программисты привыкли к UML, он будет бесить их меньше всего.
Magicdraw, Visio… большинство хороших рисовалок — платные, но часто для них существуют бесплатные вьюеры, поэтому на программистов не обязательно покупать еще сотню дорогущих лицензий.
Еще, программистам удобно думать в терминах отдельных фичей и блоков, а менеджерам напротив удобней нарисовать весь процесс одной огромной монолитной диаграммой. Если разрабатывать модель процессов с нуля, можно попробовать держать в уме еще две вещи: разделение на подзадачи и приоритеты этих подзадач для реализации. Может здорово понизить риск, когда программисты сами начнут breakdown'ить то, в чем еще не до конца разобрались ;)