Я так понимаю, у Вас js-код в виде строки в другом js-коде получается, тут есть несколько вариантов:
вариант 1, самый простой, создать из строки функцию и выполнить ее:
const CODE = 'console.log("good");'; // ваш код
(new Function(CODE))(); // создаем из него функцию и сразу вызываем
вариант 2, подходит только для этапа загрузки страницы, работает только до события DOMContentLoaded у document, просто пишем в поток html кода тег script с нужным кодом. Подойдет так же для выполнения кода в iframe
const CODE = 'console.log("good");'; // ваш код
document.write('<script>' + CODE + '</' + 'script>');
вариант 3, тоже с генерацией тега script, но уже работает в любое время, подставляем код как url в src тега script
const CODE = 'console.log("good");'; // ваш код
const scriptTag = document.createElement('script');
scriptTag.type = 'application/javascript';
scriptTag.src = URL.createObjectURL(new Blob([CODE]));
document.head.appendChild(scriptTag);