Для управления артефактами хочу порекомендовать
Ivy. Артефакты могут быть абсолютно любыми от сборок .Net или jar-файлов до кусков инсталляторов или дистрибутивов. Если с ней разобраться, то можно очень хитрые сценарии организовать.
Для автоматизации сборки на каждой платформе свое средство. Из более-менее универсальных можно назвать
Ant и
Gradle. Ant мы собирали Java, .Net, можно собирать C, C++. С помощью Gradle можно собирать Java, C, C++. Я на него посматриваю, но в бою использовать не приходилось, сказывается хорошее знание Ant.
Для документации удобно использовать Markdown/Pandoc. Есть проект
ikiwiki с markdown в качестве языка страниц.