Здравствуйте!
По сути вам нужно вывести 2 цикла. (цикл в цикле). Первый цикл будет получать термины таксономии (категории), а второй цикл будет получать товары для этой таксономии.
Например, если нужно вывести рубрики и все их товары, то можно использовать следующий код:
https://gist.github.com/DevinWalker/6fb2783c05b46a...
https://stackoverflow.com/questions/1780386/loopin...
Адаптируйте код под себя.