Индексация. При добавлении каждой следующей записи надо перестроить все индексы таблицы.
MySQL в стандартный дамп добавляет команды отключения индексов до заполнения таблицы и включения их после заполнения.
ALTER TABLE `table` DISABLE KEYS;
INSERT ...
...
INSERT ...
ALTER TABLE `table` ENABLE KEYS;