Как маршрутизировать 443 порт на mikrotik?
Никак.
Маршрутизировать это значит строить маршрут. Можно построить маршрут для пакета который везут получателю.
Но нельзя построить маршрут для надписи на этом пакете.
Может можно как то заставить MIkrotik понимать что трафик который приходит для SSTP не нужно перекидывать?
Да запросто, например по порту отличать.
Хочется поднять VPN типа SSTP так же по 443 порту типа точка-точка и точка-клиент.
Вот например кто мешает вам поднять SSTP не на 443 порту, а скажем на 5836?
HKLMSystemCurrentControlSetServicesSstpsvcParametersListenerPort
Type: DWORD Default Value: 443