Могу предположить, что Sublime 3 либо неправильно определяет кодировку. Ради интереса открыл один из древних проектов 10-летней давности, вместо windows-1251 определил как windows-1252.
"File -> Reopen with Encoding" попробуйте. Сохранять - через "File -> Save with Encoding", но убедитесь, что нет мета-тэгов с указанием другой кодировки, отличной от сохраняемой.