Какие конкретно сайты перестают работать? VPN у вас работать продолжает, т. к. иначе, заходя на IP VDS-ки, ваши сайты работать переставали бы.
Вам default gateway реально в туннеле нужен? Т. е. есть клиенты, для которых вы планируете весь трафик заворачивать в туннель? Если нет, то push "redirect-gateway def1" стоит убрать, равно как и отдачу настроек DNS. И прописать только конкретные нужные маршруты.
Также, исходя из правил следует, что вы зачем-то делаете DST NAT в IP pfSense, а не в IP домашнего сервера. Получается, у вас будет четверной NAT -- DNAT в 10.0.0.6, потом SNAT в 10.0.0.1, потом pfSense ещё раз будет делать DNAT и SNAT? Это лишнее. Пропишите в маршрутах OpenVPN, что за pfSense есть ещё одна сетка, и настройте DNAT-правило, чтобы проставлялся сразу IP сервера, а не pfSense.