чет маловато описания: непонятный скрипт лезущий не туда или неправильно настроенная система ??
тогда колхозим велосипед.
вар1: переместить /lib/ в запасник, к примеру получилось /path/to/lib.
создать времянку, к примеру /var/aufs/lib.
через aufs собрать в /lib оба пути. /path/to/lib подключить как ro, /var/aufs/lib как rw. будет доступ и для записи и защита от изменений.
вар2: через aufs собрать копию корня в какойнить директории (подключить / как ro, а какую-ниь доп.каталог как rw) и сделать в этот каталог chroot этого скрипта.