Легкого пути не будет. Корень проблемы - резервирование и резервное копирование. Чем лучше решения вам нужны тем сложнее и дороже их реализовывать.
Если вы переживете с бакапами по завершению работы виртуальной машины или реже, то это просто, можно легко настроить запуск виртуальных машин с локального диска скриптом, и по завершении работы этот же скрипт копирует данные куда вы хотите.
Это я не говорю чем являются виртуалки и какая операционная система но общий принцип именно такой. Монтируете ли вы диск с windows ntfs после завершения работы или же у вас linux и все виртуалки работают по локальной сети (даже если все происходит в пределах одной машины, между виртуалками настраивается сеть) с загрузкой по nfs...
Если у вас linux кстати то всякие lxc/docker предоставляют инструменты по организации рабочего места, со снапшотами и прочим.
Если у вас есть возможность, выносите хранилище подальше от рабочей машины, но в случае с ноутбуком это будет медленный wifi... кстати красивым решением может оказаться каскадное кеширование данных... т.е. вы подключаете блочное устройство по сети, добавив к нему (например linux bcache) локальный диск как кеш, даже в режиме только кеширование чтения это может дать огромный прирост к скорости, в купе с бонусами независимого хранилища (резервирование которого настроить проще чем на вашем ноутбуке) даст отличный бонус.
--------------
Пример организации, у вас везде linux, на сервере файловые системы с поддержкой снапшотов (например btrfs/zfs) все машины загружаются по сети, кеширование на локальные диски можно настроить чем то типа cachefilesd/cachefs и прочее, на сервере ваш демон по вашим условиям создает снапшоты (для файловых систем copy on write это не создает накладных расходов, хоть каждую минуту делайте, лишь бы место хватило).. правда все же рекомендется для полноценного версионирования ваших проектов пользоваться заточенными инструментами типа git. База данных тоже старайтесь выносить на сервер, не запускайтие их на ноутбуке.
Все сказанное само собой в случае с организацией работы через виртуальные машины может выродиться на одной физической, т.е. ноутбук это ваш сервер, а виртуалки подключаются к нему по локальной сети... но все вытекающие от сюда риски потери данных никуда не деваются.