Вообще говоря сделать дамп бд - просто утилитой mysqldump. Сложность заключается в получении доступа: к порту бд, а так же логину/паролю.
Очень часто разработчики устанавливают прямо у себя на сайте phpmyadmin для удобного доступа к своей же базе, со стороны злоумышленника осталость получить логин с паролем, так как pma умеет делать дамп бд.
Бывает что файлы конфигов кладут в публичном каталоге.
Иногда сами сотрудники добавляют уязвимостей. На моей практике был случай, когда нашел скрипт для удалённого скрытого управления, явно оставленный кем то изнутри.
Часто сайтики делают в принципе не компетентные люди, которые в принципе о безопасности знают что это что-то такое что наверное где-то надо, а мой сайт ну кому вообще надо взламывать?