Если я создам раздел с, например, ntfs потеряются ли данные
Разумеется, часть данных может потеряться.
Банально, но
любая операция записи перезаписывает те сектора, которые она затрагивает, уничтожая хранившиеся в тех секторах данные безвозвратно.
Вам сейчас надо обеспечить отсутствие операций записи на диск (форматирование, инициализация и т.п.) и просканировать диск программой для восстановления данных.
Под Windows есть бесплатный
R.saver.
После того, как сохраните восстановленные данные на другой носитель, я бы посоветовал прогнать тест диска в
R.tester'е, чтобы понять можно ли дальше безопасно использовать винчестер.