А при импорте обоих классов, что будете делать? На то и называют уникальными именами, чтобы можно было сразу отличить один класс от другого. Более того, такая архитектура (App\Repositories, App\Controllers) используется далеко не во всех проектах. Поэтому логично указать как функциональную составляющую (сервис, контроллер), так и доменную (user, app, article).