Может быть вы обновили тему, а создание произвольных полей было прописано в functions.php ?
Чтобы такого не было, создавайте дочернюю тему. Ну и для кастомных полей используйте ACF плагин...
Оказалось что поля скрыты плагином ACF. Раньше были и "Произвольные поля" и ACF. В какой-то момент, после обновления, ACF скрыл произвольные поля.
Беда заключалась в том, что у одной страниц выводился JS код через Произвольное поле. Он продолжал подгружаться, хотя поле уже не показывалось.
В итоге отключил ACF, появились произвольные поля, удалил js код, включил обратно ACF.