Не знаю с чём связано, но у меня Яндекс отлично съедает фавыкон в случае, если я в хеад в ХТМЛ добавляю:
<link rel="shortcut icon" href="http://domain.ru/favicon.ico" type="image/x-icon">
После этого яндекс подтягивает фавыкон. Сначала он появляется в яндекс-вебмастере и в метрике (через 1–2 дня), а через недели 2–3 уже в выдаче.