Ты вставил код до того места, где подключается jQuery.
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
let mainBlock = $('.navbar-collapse');
mainBlock.find('ul').on('click', function() {
mainBlock.removeClass('in');
});
});
</script>
<!--Vendor-JS-->
<script src="js/vendor/jquery-1.12.4.min.js"></script>
<script src="js/vendor/bootstrap.min.js"></script>
<!--Plugin-JS-->
<script src="js/owl.carousel.min.js"></script>
<script src="js/contact-form.js"></script>
<script src="js/jquery.parallax-1.1.3.js"></script>
<script src="js/scrollUp.min.js"></script>
<script src="js/magnific-popup.min.js"></script>
<script src="js/wow.min.js"></script>
<!--Main-active-JS-->
<script src="js/main.js"></script>
</body>
</html>