Странные вопросы для написавшего веб-приложение :)
Во первых, если это сайт - то считается по умолчанию 80 порт для http и 443 для https (с шифрованием и сертификатами).
Во вторых, сильно зависит от того, какой это сайт. Если в нем много статичных файлов, типа картинок, файлов, или это SP, то есть отдается просто html - то настоятельно рекомендуют использовать Nginx как прокси. В остальных случаях не обязательно, но все же тоже рекомендуют. То есть Nginx запускают на портах 80/443, а в конфигурации виртуального хоста прописывают прокси на тот порт, на котором запущено приложение Node.JS. Какой это порт, определяете сами, главное чтобы он не совпадал с зарезервированными системными портами и портами, занятыми другими приложениями. В этом случае основную нагрузку по отдаче контента несете более производительный Nginx, а ваше приложение генерирует динамический контент. Желательно еще, чтобы по порту отвечало только локально на сервере, тогда проблем меньше будет.
В третьих, если это все же не сайт (сервис REST API например) или не совсем сайт (скажем SPA на html и бекенд на Node.JS выполняются какие-либо задачи, ну или другие варианты) - то порт может быть абсолютно любым на ваш вкус. Главное чтобы он не пересекался с другими, так как обычно на одном порту может висеть только одно приложение.
Дополнение: некоторые используют Docker или более современный вариант CoreOS. в этом случае какой порт использует виртуально ваше приложение, прописываете в настройках. Соответственно можно например запускать несколько контейнеров с разными приложениями на разных портах, связывая при необходимости их друг с другом (все тот же Nginx например и прокси на адрес контейнера с вашим приложением).