Назначай владельцем конкретно пользователя Администратора а пользователям - разрешение только на чтение и запрет на всякое. Запреты - приоритетнее.
Но если запретишь запись, то и новых файлов создавать низзя будет, только через программу, запущенную от Администратора. Но через неё же можно будет и удалить... так что, как видишь, не сильно ты можешь защитить, давая доступ вообще.
Проще – пользуйся теневыми копиями, тогда любое "повреждение" лечится за пару минут. У меня это иногда случается и если бы не теневые копии - недельный труд насмарку.