Порядок сортировки задается значениям опций, а не в товаре, так что число товаров на число опций сильно не влияет.
Сейчас у вас они скорее всего выводятся просто в порядке добавления.
Если значений опций очень много, пишите свою сортировку опций в модели ModelCatalogProduct в методе getProductOptions.
Вопрос только в том все ли значения опций у вас в одном формате aaХbb, потому что если их сортировать в лоб, 10х1 будет меньше чем 9х123