Минусовка в РСЯ, действительно, не особо нужна. Но избавиться от автоматической кросс-минусовки тоже так просто не получится - Яндекс будет добавлять её при каждом удобном случае.
По поводу сужения аудитории можете не переживать, при кросс-минусовке исключается только пересечение аудитории между таргетингами при поведенческом таргетировании. На тематический таргетинг это не влияет. Так что общий охват аудитории по кампании никак не изменится.
Но следите, чтобы в кампании не оставались лишние минус-слова, когда останавливаете какие-либо из фраз. И чтобы не возникало групп со статусом "мало показов".