Есть два меню на сайте, в шапке и в футере, есть ли разница куда поставить ссылку на страницу со списком статей?
Т.е если я расположу её в футере (ибо в шапке нет места) не повлияет ли это отрицательно на сео? т.к она будет почти в самом низу сайта?
Безусловно повлияет. Чем ниже ссылка, тем меньше веса внутри сайта она передает. То есть если расположить смылку на раздел внизу, то его внутреннте страницы с меньшей вероятностью попадут в топ поиска, чем если разместить раздел в верхнем меню.